Covid-19 merupakan penyakit menular yang disebabkan oleh SARS-COV-2, cepatnya proses penularan virus ini membuat Covid-19 disebut sebagai Pandemi yang menyerang seluruh negara termasuk Indonesia. Pandemi Covid-19 memberikan dampak pada setiap industri yang ada di Indonesia khususnya pada industri transportasi mengalami penurunan profitabilitas di masa pandemi Covid-19 2020-2021 sedangkan pada industri farmasi mengalami peningkatan profitabilitas di masa pandemi Covid-19 2020-2021. Melihat dari kinerja keuangan ang diukur dengan rasio profitabilitas, penelitian ini bertujuan untuk membuktikan apakah terdapat perbedaan kinerja keuangan antara perusahaan transportasi dengan perusahaan farmasi di masa pandemi Covid-19 tahun 2020-2021. Sampel yang digunakan dalam penelitian ini sebanyak 8 perusahaan transportasi dan 11 perusahaan farmasi. Tahapan pengujian yang digunakan meliputi uji normalitas dan uji hipotesis menggunakan uji parametrik independent sample t test dan diperkuat menggunakan uji non parametric Mann-Whitney U Test. Penelitian ini membuktikan terdapat perbedaan kinerja keuangan antara perusahaan transportasi dengan perusahaan farmasi di masa pandemi Covid-19 tahun 2020-2021 karena hasil uji hipotesis menunjukkan nilai signifikan < 0,05.