Penelitian ini memiliki tujuan untuk mengetahui sistem pengendalian intern pembiayaan murabahah pada PT. BPRS Mitra Mentari Sejahtera Ponorogo, dan untuk mengetahui penerapan sistem pengendalian intern pembiayaan murabahah berdasarkan komponen COSO pada PT. BPRS Mitra Mentari Sejahtera Ponorogo. Analisis yang digunakan dalam penelitian ini adalah sistem pengendalian intern dalam pembiayaan murabahah yang dilihat dari komponen COSO yaitu lingkungan pengendalian, penilaian risiko, aktivitas pengendalian, informasi dan komunikasi, dan pemantauan. Metode yang digunakan pada penelitian ini adalah metode kualitatif yang dilakukan dengan menggunakan teknik wawancara dan teknik dokumentasi. Hasil penelitian menunjukkan sistem pengendalian intern dalam pembiayaan murabahah yang dibandingkan dengan komponen pengendalian COSO dapat dikatakan efektif. Dalam pengendalian pembiayaan murabahah sudah diterapkannya komponen pengendalian COSO yaitu telah terbentuknya Lingkungan Pengendalian, Penilaian Risiko, Aktivitas Pengendalian, Informasi dan Komunikasi, serta Pemantauan. Hanya saja, perlu dilakukan evaluasi kembali setiap komponen terutama pada komponen lingkungan pengendalian, serta pemeriksaan kinerja secara independen untuk diimplementasikan dalam kegiatan kerja sehari-hari, mengingat pentingnya suatu sistem pengendalian intern dalam mencapai tujuan, visi dan misi perusahaan.