Proses Sistem Pendukung Keputusan(SPK) yang baik merupakan sesuatu yang krusial untuk meningkatkan Kinerja Perguruan Tinggi (PT). Dengan SPK yang tepat maka PT diharapkan lebih dapat menguatkan indikator kinerja Tridharma PT nya yaitu pengajaran, penelitian dan pengabdian pada masyarakat. Terdapat beberapa penelitian sebelumnya tentang penerapan SPK pada PT dalam berbagai aspek, akan tetapi masih sangat sedikit penelitian tentang SPK pada aspek kinerja PT. Penelitian ini bertujuan untuk menerapkan SPK pada aspek kinerja PT dengan menggabungkan pendekatan manajemen Balanced Scoredcard(BSC) dan Analytical Hierarchy Process(AHP). Terdapat empat kriteria pemilihan dalam penilaian yaitu aspek Perspektif, Strategy Objective, Program Inisiatif dan Aktivitas. Objek penelitian ini adalah para pemangku kebijakan IAIN Ponorogo. Hasil penelitian menunjukkan dalam perspektif BSC maka aspek Financial menempati peringkat pertama dengan nilai 0.4749, kemudian Customer Satisfaction(0.1298), Internal Business Process(0.2965) dan Learning and Growth(0.0989). Penelitian ini memberikan kontribusi secara teoritis pada pengembangan keilmuwan SPK dengan BSC dan AHP, kemudian secara praktis dengan memberikan rekomendasi pada pemangku kebijakan untuk lebih memprioritaskan faktor yang kritis untuk perbaikan lebih lanjut